O Diagnóstico da Proteção Integral é um sistema intra-urbano de avaliação e monitoramento dos direitos das crianças e dos adolescentes. São levantadas informações sobre cada uma das áreas que compõem a cidade, para que seja possível saber quais são as prioridades e especificidades dos diferentes grupos da população infanto-juvenil, nas diferentes regiões do município. No Guarujá foram definidas 23 regiões, adotando como parâmetro inicial a divisão em micro regiões e, no que foi possível, compatibilidade com o novo abairramento. Houve, no entanto, adaptações, a fim de permitir a coincidência com a divisão adotada pelo IBGE nos setores censitários. Além disso, as regiões com população muito baixa (chamadas de marinas e áreas verdes) não foram consideradas nos cálculos de indicadores e prioridades.

O sistema reúne informações sobre as crianças e adolescentes residentes em cada uma dessas áreas, além de dados relativos aos pais, famílias e moradias, que têm impacto direto sobre a proteção dos direitos infanto-juvenis. As informações utilizadas no sistema são buscadas em fontes permanentes: secretarias municipais e estaduais, conselho tutelar, SUS, Poder Judiciário, entre outros. Com isso os dados são bastante atuais (no caso desta primeira consolidação do Diagnóstico do Guarujá, eles se referem a 2005) e podem ser atualizados anualmente. Com isso, torna-se possível acompanhar as transformações que ocorrem nas condições de vida e no grau de garantia dos direitos das crianças e adolescentes do município. Além disso - e este é o principal uso do diagnóstico - torna-se possível planejar e elaborar políticas públicas a partir do conhecimento mais aprofundado da realidade social. Com estas características, o diagnóstico fornece diversos níveis de informação. O nível mais amplo é o Mapa da Proteção Integral, que consolida todos os dados para comparar as diferentes regiões e mostrar aquelas em que os direitos estão menos protegidos e, por isso, são prioridades de ação. As regiões são classificadas em cinco faixas de garantia de direitos das crianças e adolescentes.

Para a construção desse mapa, são usadas as definições do Estatuto da Criança e do Adolescente, que organiza os direitos em cinco grandes dimensões: vida e saúde; educação, cultura, esporte e lazer; convivência familiar e comunitária; liberdade, respeito e dignidade; e profissionalização e proteção no trabalho. Essas cinco áreas, por sua vez, são analisadas a partir de um conjunto de informações básicas, os indicadores. O sistema permite consultar a situação das diferentes regiões da cidade em cada uma dessas dimensões, fornecendo mapas de cada uma delas. Isso torna possível saber, por exemplo, as regiões prioritárias para ações de saúde ou de reforço escolar. Cada informação que entra na composição das dimensões também pode ser consultada isoladamente. Há mapas da cidade que mostram os indicadores separadamente região por região. Além disso, é possível conhecer a distribuição pela cidade das ONGs que atuam com crianças e adolescentes.

Uma das formas mais interessantes de compreender a estrutura do sistema e as diversas possibilidades que ele oferece é consultar as páginas das regiões, apresentadas no menu à direita. Na página de cada região são apresentadas sua classificação do ponto de vista da proteção integral, do ponto de vista de cada uma das dimensões e do ponto de vista de cada indicador.

É importante notar que os nomes das regiões acompanham nomes dos bairros da cidade, mas cada uma dessas regiões inclui mais de um bairro. O nome serve para caracterizar o território delimitado, não para descrever sua composição total. A região Mar e Céu, por exemplo,inclui Tortuga e outros pequenos bairros com denominações locais; Vila Baiana contém partes que já são consideradas Enseada no novo abairramento. A total coincidência do mapa da proteção integral e dos novos limites de bairros só será possível após o IBGE redesenhar os limites dos setores censitários (que são a base de qualquer estudo estatístico que se faça a respeito da população) para possibilitar a coincidência das bases de cálculo de diversos indicadores.